Description: Hardening
--- a/src/Makefile
+++ b/src/Makefile
@@ -1,5 +1,5 @@
 CC = g++
-CFLAGS = -Wall -O3  -I /usr/include/bamtools -I /usr/include
+CFLAGS += -Wall -O3  -I /usr/include/bamtools -I /usr/include
 TABIX = -ltabixpp -lhts -lz
 STATS_OBJS =  trianglePlot.o coveragePlot.o fasta.o histogram.o utils.o
 SCORE_OBJS = errorWindow.o utils.o histogram.o
@@ -19,106 +19,106 @@
 all: $(EXECUTABLES)
 
 errorWindow.o: errorWindow.cpp
-	$(CC) $(CFLAGS) -c errorWindow.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c errorWindow.cpp
 
 trianglePlot.o: trianglePlot.cpp utils.o
-	$(CC) $(CFLAGS) -c trianglePlot.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c trianglePlot.cpp
 
 coveragePlot.o: coveragePlot.cpp
-	$(CC) $(CFLAGS) -c coveragePlot.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c coveragePlot.cpp
 
 fasta.o: fasta.cpp
-	$(CC) $(CFLAGS) -c fasta.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c fasta.cpp
 
 histogram.o: histogram.cpp
-	$(CC) $(CFLAGS) -c histogram.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c histogram.cpp
 
 utils.o: utils.cpp
-	$(CC) $(CFLAGS) -c utils.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c utils.cpp
 
 task_stats: task_stats.o $(STATS_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) task_stats.o  $(STATS_OBJS)  -lbamtools $(TABIX) -o task_stats
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) task_stats.o  $(STATS_OBJS)  -lbamtools $(TABIX) -o task_stats $(LDFLAGS)
 
 task_stats.o: task_stats.cpp $(STATS_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c task_stats.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c task_stats.cpp
 
 task_score: task_score.o $(SCORE_OBJS)
-	$(CC) -o task_score $(CFLAGS) task_score.o $(SCORE_OBJS) -lbamtools $(TABIX)
+	$(CC) -o task_score $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) task_score.o $(SCORE_OBJS) -lbamtools $(TABIX) $(LDFLAGS)
 
 task_score.o: task_score.cpp $(SCORE_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c task_score.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c task_score.cpp
 
 task_break: task_break.o $(BREAK_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) task_break.o -lbamtools $(BREAK_OBJS) -lbamtools $(TABIX) -o task_break
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) task_break.o -lbamtools $(BREAK_OBJS) -lbamtools $(TABIX) -o task_break $(LDFLAGS)
 
 task_break.o: task_break.cpp $(BREAK_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c task_break.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c task_break.cpp
 
 bam2fragCov: bam2fragCov.o $(BAM2COV_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) bam2fragCov.o -lbamtools $(BAM2COV_OBJS) -lbamtools $(TABIX) -o bam2fragCov
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) bam2fragCov.o -lbamtools $(BAM2COV_OBJS) -lbamtools $(TABIX) -o bam2fragCov $(LDFLAGS)
 
 bam2fragCov.o: bam2fragCov.cpp $(BAM2COV_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c bam2fragCov.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c bam2fragCov.cpp
 
 bam2insert: bam2insert.o $(BAM2INSERT_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) bam2insert.o -lbamtools $(BAM2INSERT_OBJS) -lbamtools $(TABIX) -o bam2insert
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) bam2insert.o -lbamtools $(BAM2INSERT_OBJS) -lbamtools $(TABIX) -o bam2insert $(LDFLAGS)
 
 bam2insert.o: bam2insert.cpp $(BAM2INSERT_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c bam2insert.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c bam2insert.cpp
 
 bam2perfect: bam2perfect.o $(BAM2PERFECT_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) bam2perfect.o -lbamtools $(BAM2PERFECT_OBJS) -lbamtools $(TABIX) -o bam2perfect
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) bam2perfect.o -lbamtools $(BAM2PERFECT_OBJS) -lbamtools $(TABIX) -o bam2perfect $(LDFLAGS)
 
 bam2perfect.o: bam2perfect.cpp $(BAM2PERFECT_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c bam2perfect.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c bam2perfect.cpp
 
 bam2fcdEstimate: bam2fcdEstimate.o $(BAM2FCDESTIMATE_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) bam2fcdEstimate.o -lbamtools $(TABIX) $(BAM2FCDESTIMATE_OBJS) -o bam2fcdEstimate
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) bam2fcdEstimate.o -lbamtools $(TABIX) $(BAM2FCDESTIMATE_OBJS) -o bam2fcdEstimate $(LDFLAGS)
 
 bam2fcdEstimate.o: bam2fcdEstimate.cpp $(BAM2FCDESTIMATE_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c bam2fcdEstimate.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c bam2fcdEstimate.cpp
 
 make_plots: make_plots.o
-	$(CC) $(CFLAGS) make_plots.o -o make_plots
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) make_plots.o -o make_plots $(LDFLAGS)
 
 make_plots.o: make_plots.cpp
-	$(CC) $(CFLAGS) -c make_plots.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c make_plots.cpp
 
 fa2gc: fa2gc.o $(FA2GC_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) fa2gc.o $(FA2GC_OBJS) -o fa2gc
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) fa2gc.o $(FA2GC_OBJS) -o fa2gc $(LDFLAGS)
 
 fa2gc.o: fa2gc.cpp $(FA2GC_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c fa2gc.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c fa2gc.cpp
 
 fa2gaps: fa2gaps.o $(FA2GAPS_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) fa2gaps.o $(FA2GAPS_OBJS) -o fa2gaps
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) fa2gaps.o $(FA2GAPS_OBJS) -o fa2gaps $(LDFLAGS)
 
 fa2gaps.o: fa2gaps.cpp $(FA2GAPS_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c fa2gaps.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c fa2gaps.cpp
 
 n50: n50.o $(N50_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) n50.o $(N50_OBJS) -o n50
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) n50.o $(N50_OBJS) -o n50 $(LDFLAGS)
 
 n50.o: n50.cpp $(N50_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c n50.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c n50.cpp
 
 scaff2contig: scaff2contig.o $(SCAFF2CONTIG_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) scaff2contig.o $(SCAFF2CONTIG_OBJS) -o scaff2contig
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) scaff2contig.o $(SCAFF2CONTIG_OBJS) -o scaff2contig $(LDFLAGS)
 
 scaff2contig.o: scaff2contig.cpp $(SCAFF2CONTIG_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c scaff2contig.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c scaff2contig.cpp
 
 task_gapresize: task_gapresize.o $(GAPRESIZE_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) task_gapresize.o -lbamtools $(TABIX) $(GAPRESIZE_OBJS) -o task_gapresize
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) task_gapresize.o -lbamtools $(TABIX) $(GAPRESIZE_OBJS) -o task_gapresize $(LDFLAGS)
 
 task_gapresize.o: task_gapresize.cpp $(GAPRESIZE_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c task_gapresize.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c task_gapresize.cpp
 
 task_fcdrate: task_fcdrate.o $(FCDRATE_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) task_fcdrate.o -lbamtools $(TABIX) $(FCDRATE_OBJS) -o task_fcdrate
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) task_fcdrate.o -lbamtools $(TABIX) $(FCDRATE_OBJS) -o task_fcdrate $(LDFLAGS)
 
 task_fcdrate.o: task_fcdrate.cpp $(FCDRATE_OBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -c task_fcdrate.cpp
+	$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c task_fcdrate.cpp
 
 clean:
 	rm -rf *.o $(EXECUTABLES)
