#!/bin/sh -e

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#   Description:
#       
#   History:
#   Date        Name        Modification
#   2022-03     Jason Bacon Begin
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usage()
{
    printf "Usage: $0 adjacent-genes max-nt gene-list.txt\n"
    exit 1
}


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#   Main
##########################################################################

if [ $# != 3 ]; then
    usage
fi
adjacent_genes=$1
max_nt=$2
gene_file="$3"

for gene in $(cat $gene_file); do
    # Each line in gene_file may contain alternates such as isl2b|isl2
    # Also replace '-' with '_' since '-' is a separator in filenames
    # generated by ms-extract
    gene_list=$(echo $gene | tr '|-' ' _')
    ms-fish-mammal-intersect $adjacent_genes $max_nt $gene_list
done
