Password Safe ermöglicht dem Benutzer alle Passwörter in einem einzigen "Safe" (Passwortdatenbank) abzuspeichern, oder mehrere Datenbanken für unterschiedliche Zwecke anzulegen (z.B. eine für die Arbeit, eine für den persönlichen Gebrauch). Jede Datenbank ist unabhängig, kann verschoben werden und läuft auf den verschiedensten Systemen, solange dieselbe Version von Password Safe verwendet wird. Die Datenbanken sind verschlüsselt mit einem Schlüssel, der vom Master-Passwort abgeleitet ist (das Master-Passwort selber hingegen ist nicht in der Datenbank enthalten, in welche Form auch immer).
Wenn Sie Password Safe zum ersten Mal einsetzen, drücken Sie das Symbol "Neue Datenbank erstellen". Sie werden aufgefordert, Name und Speicherort der Datenbank festzulegen (standardmäßig wird "pwsafe.psafe3" vorgeschlagen). Dann müssen Sie noch das Master-Passwort angeben, womit der Inhalt der Datenbank verschlüsselt und "abgesperrt" wird.
Es gibt zwei Möglichkeiten eine neue Datenbank zu erstellen. Durch Klicken auf Neue Datenbank im Eingabe des Master-Passwortes Dialog beim Start der Anwendung, oder mit Menü Datei->Neu, wenn Password Safe geöffnet ist. Beide Methoden rufen dann den Dialog Einstellung Master-Passwort auf.